会社が不動産を譲渡した場合、法人税には個人のような所得区分の概念がありませんので、通常の事業にかかる利益と同様に法人税が課税されます。法人税の税率は、資本金1億円以下の法人の場合、年800万円以下の部分は２２％、年800万円を超える部分は30％で課税されます。その他に事業税や住民税が表（法人税等の税率）にようにかかりますので、実効税率は41％程度となります。会社が不動産を譲渡したときにかかる法人税は、不動産の譲渡益に対して課税されます。
【譲渡益とは・・・】
不動産の売却価額（譲渡価額）からその不動産の帳簿価 額（簿価）を控除したものです。帳簿価額は、土地であればその土地を購入したときの価額が帳簿価額として計上されています。建物であればその建物を購入した際の取得価額から保有期間に計上した減価償却費（Q××参照）の累計額を控除した額（未償却残高）が控除される簿価となります。法人の減価償却は任意償却なので、減価償却費を計上していない年があれば、実際の計上された減価償却費の累計額のみを控除して簿価を求めることになります。また、買換特例（Q××参照）や交換特例を適用して取得した不動産は、圧縮記帳という方法により帳簿価額が圧縮（減額）されており、実際の取得価額より 帳簿価額がかなり低くなっている場合がありますので、注意が必要です。例えば1億円で買った土地を8000万円で売却したから譲渡益に対する法人税はかからないと思っていたところ、1億円で買った土地が買換特例の適用を受けており、帳簿価額が3000万円に圧縮されていたとします。その場合、8000万円の譲渡収入金額から帳簿価額の3000万円を控除した5000万円の譲渡益に対して法人税が課税されます。
次に借地権を譲渡した場合も注意が必要です。
【借地権とは・・・】
他人の土地の上に建物を建てた際に発生した権利をいいますが、古い借地契約の場合、土地を借りるときに権利金等の対価を土地所有者に支払わず に借りている場合があります。その場合、建物の帳簿価額は存在していても、借地権の帳簿価額は計上されていない場合があります。しかし、譲渡をした際には、借地権の対価が高額（市街地では土地の価額の60～80％程度）になるため、帳簿価額がゼロの場合、売却価額のすべてが譲渡益となります。また、譲渡をする際にかかった仲介手数料、測量費、登記費用等の譲渡費用はその年の損金として計上することが可能です。
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